FTPでのサーバ接続に関しては割愛します。
(私はFFFTP ver 1.92aを使用していますが、特別な設定といえば、PASVモードにチェックを入れているだけです。)
接続後、/public_htmlの下にxフォルダを作成します。
/public_html/xの中にMovable Type3.33jaを全てアップロードします。
アップロード後全てのcgiファイルのパーミッションを755に変更します。
アップロードに関してはこれで終了です。
(注意)インストールがうまくいかない原因の多くはアップロード作業の失敗にあります。アップロードされていないファイルやフォルダーが1個でもあると Movable Type が正常に動作しない可能性があります。途中でアップロードが止まって再開した場合などは、アップロードに失敗した可能性があります。どのファイルでアップロードが止まったかメモしておき、後からファイルの存在を必ず確認してください。アップロード失敗は私も結構ありました。
Movable Typeインストール手順1
Movable Typeインストール手順2
Movable Typeインストール手順3
Movable Typeインストール手順4
Movable Typeインストール手順5